As estruturas de Organização Institucional, Animação e Governo, e Administração dos Bens , estão sempre à serviço da nossa Missão, sem jamais esquecer que são somente mediações que não exaurem o nosso zelo apostólico. (cf. Diretório Fraternidade Jesus Maria José 123) “Nossa estrutura organizacional leve, ágil, flexível, condizente com a nossa realidade. Estamos sempre vigilantes a fim de que a estrutura jamais subjugue o Carisma ao qual deve servir.” (idem 206)

“A estrutura organizacional se estabelece em três níveis: Comunitário (local), Regional e Geral. Cada nível responde a objetivos distintos segundo os quais opera. A autonomia, direitos e prerrogativas dos diversos níveis são preservados, assim como os deveres e obrigações entre eles. O princípio da organicidade expressa a comunhão entre todos os membros da Fraternidade.” (idem 207) A origem e o principal fundamento da estrutura organizacional são os associados, ao lhe darem vida e usufruírem dos seus serviços.